- Xây dựng chiến lược quy hoạch, kế hoạch phát triển ngành dài hạn, trung hạn và hằng năm và được tổ chức thực hiện sau khi được phê duyệt.

- Chỉ đạo sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, thuỷ sản và ngành nghề nông thôn, quản lý chất lượng sản phẩm, giống cây trồng, con vật nuôi.

- Tổ chức và chỉ đạo công tác bảo vệ - kiểm dịch động thực vật, bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản, tài nguyên rừng, thuỷ nông, đê điều, môi trường và vệ sinh an toàn thực phẩm trong phạm vi ngành.

- Quản lý các công trình thuỷ lợi, công trình thuỷ nông, các công trình chuyên ngành, tổ chức thực hiện các chính sách về thuỷ sản nông lâm.

- Thực hiện công tác khuyến nông - lâm - ngư, nghiên cứu ứng dụng, chuyển giao tiến độ khoa học kỹ thuật vào sản xuất cho nông ngư dân.

- Xây dựng quy hoạch, kế hoạch đào tạo, bồi dưỡng đội ngũ cán bộ quản lý, cán bộ khoa học kỹ thuật và công nhân kỹ thuật ngành.

- Thực hiện chức năng quản lý nhà nước đối với các doanh nghiệp thuộc ngành, hướng dẫn tạo điều kiện hỗ trợ phát triển kinh tế hợp tác xã, kinh tế trang trại, các doanh nghiệp ngoài quốc doanh Ngành Thuỷ sản nông lâm.

- Thực hiện công tác thanh tra nhà nước và thanh tra chuyên ngành: xem xét giải quyết các khiếu nại, tố cáo của công dân, của tổ chức kinh tế - xã hội, hoạt động có liên quan đến ngành.

- Thực hiện nhiệm vụ thường trực Ban chỉ huy phòng chống bão lụt thành phố. Chỉ đạo phòng chống và khắc phục hậu quả bão lũ, thiên tai, phối hợp thực hiện công tác neo trú bão an toàn cho tàu thuyền và an toàn ngư dân trên biển.

- Phối hợp với các ngành, các địa phương tổ chức chỉ đạo và hướng dẫn thực hiện những nội dung liên quan đến phát triển nông thôn.